根据备忘录，商务部与海关总署将重点在以下方面加强协作：

    一是继续深入落实和加强现有的便捷通关措施，完善口岸及海关特殊监管区域所在地的海关实行工作日24小时预约通关制度；为对外投资和援外项目出口货物提供通关便利，共同做好软件和文化产品进出口促进工作。

    二是研究进一步完善海关特殊监管区域功能的相关措施，引导和鼓励先进制造业和生产性现代服务业进入海关特殊监管区域发展，鼓励服务外包和外商在华设立研发中心。

    三是完善加工贸易管理，推动加工贸易延长产业链，提高附加值，便利加工贸易企业产品内销，促进加工贸易转型升级和产业发展。

    四是加大对外交往工作合作力度，加强多、双边领域的协作配合，切实维护国家经济利益。

    五是双方加强在贸易政策落实中的协调和配合，联合开展进出口企业守法诚信体系建设，共同打造公平竞争的对外经济贸易环境。

    六是鼓励和引导进出口企业增加自主品牌和知识产权保护意识，帮助企业解决在海外维权方面遇到的困难和问题，维护我国企业的合法权益。

    该备忘录在商务部和海关总署现有工作机制和工作成果的基础上，进一步开拓了协作领域，丰富了协作内容，创新了协作方式，为我国对外贸易的稳定增长创造了有利条件。